Inom ämnesgruppen för kyrkomusik och orgel kan man som huvudämne välja kyrkomusikstudier eller solistiska instrumentstudier i orgel eller klavikord. En kyrkomusikstuderande kan som inriktning välja den evangelisk-lutherska inriktningen (i både Helsingfors och Kuopio) eller den allmänna inriktningen (enbart i Kuopio). En magisterexamen i musik som har avlagts enligt den evangelisk-lutherska inriktningen är enligt ett beslut av finska evangelisk-lutherska kyrkans biskopsmöte en högre högskoleexamen och den krävs av de sökande till de flesta kantorstjänster i den aktuella kyrkan. Studier som har avlagts enligt den allmänna inriktningen ger inte behörighet för kantorstjänsterna i den finska evangelisk-lutherska kyrkan, men kunskaper och färdigheter för uppgifter inom andra kyrkor och kristliga samfund. Inom båda inriktningarna kan kandidatexamen (180 sp) och magisterexamen (150 sp) i musik avläggas. Årligen inleder 25–30 nya studerande studier i kyrkomusik och några studeranden i orgelspel. Studierna för kandidatexamen i musik tar cirka tre år och de därpå följande magisterstudierna 2,5 år.
